BlackSite: Area 51 có lối chơi bắn súng góc nhìn thứ nhất. Nó sử dụng một hệ thống y tế tái sinh; ngoài ra, nhân vật của người chơi có thể hấp thụ một lượng lớn phát súng trước khi chết. Trò chơi có sáu loại vũ khí khác nhau, mặc dù chỉ có hai chiếc có thể được mang theo cùng một lúc. Trò chơi cũng có tính năng sử dụng lựu đạn và kiểu tấn công cận chiến. Vũ khí chính trong game, M4 carbine, có tầm nhìn ba chiều có thể nhắm vào để phóng to các mục tiêu ở xa.[2]

Một trong những tính năng chính của trò chơi là chiến thuật đội hình. Trong gần như toàn bộ trò chơi, người chơi sẽ có một nhóm gồm hai Đội hình do A.I. điều khiển đi cùng mình. Các đồng đội có thể được lệnh di chuyển vào một vị trí, tập trung hỏa lực vào một kẻ thù cụ thể, điều khiển một tháp pháo được gắn hoặc đặt các loại thuốc nổ vào một số vật phẩm. Lệnh Squad được đưa ra với một nút duy nhất; các lệnh có ngữ cảnh nhạy cảm dựa trên những gì người chơi chỉ con trỏ vào. Các đồng đội không thể bị giết, và sẽ chỉ bị hạ gục trong một thời gian ngắn sau khi nhận một lượng sát thương nhất định. Trò chơi cũng có một hệ thống tinh thần, tinh thần đội hình tăng lên khi người chơi giết kẻ thù hoặc ghi điểm, và giảm khi người chơi chịu sát thương hoặc khi đồng đội bị thương hoặc mất khả năng tác chiến. Khi tinh thần nâng cao, các đồng đội chiến đấu hiệu quả hơn nhiều và có thể sống sót với nhiều thiệt hại hơn, trong khi ở tinh thần thấp, họ đóng góp ít hơn cho các trận hỏa hoạn, và bị mất khả năng dễ dàng hơn nhiều.

Trò chơi cũng có một số loại khí tài mà người chơi phải lái một chiếc xe tải dân sự hoặc quân đội xuyên quốc gia Humvee để đến một địa điểm, trong khi đối phó với các cuộc tấn công của kẻ thù. Người chơi có thể thoát khỏi xe bất cứ lúc nào để thu thập vật phẩm, do thám nhà cửa hoặc điều khiển súng máy được gắn trên nóc xe Humvee.

Phần chơi mạng có các chế độ như Deathmatch, Team Deathmatch, Capture the flag, Siege và Human VS. Reborn. The Siege và Human VS. Reborn trông khác biệt và độc đáo so với các tựa game khác. Nó cho phép các đội cố gắng kiểm soát từng lãnh thổ màn chơi trong khi cố gắng tranh đoạt lẫn nhau. Chế độ Deathmatch, cũng như phần còn lại của phần trực tuyến của trò chơi có số lượng người chơi tối đa là 10 người. Không có phần chơi nối mạng cục bộ.